Zu den klassischen Anzeichen gehört der namensgebende Schnupfen, der sich zumeist durch beständigen Sekretfluss in klarer Farbe äußert. Als Sekundärerscheinung sind Oberlippe, Nasenlöcher sowie Nasenschleimhäute trocken, rot und gereizt. In der Folge kann es zu Schmerzen und Nasenbluten, heftigem, unkontrollierten Niesen sowie intensivem Juckreiz kommen.

Zu den weiteren Symptomen bei Heuschnupfen zählen Jucken und Wundheit des Halses, gelegentlich auch Husten und Erschöpfung. Heuschnupfen kann sogar zu leichtem Fieber führen.

Betroffene fühlen sich bei ausgeprägtem Heuschnupfen nicht selten angeschlagen und sehen sich in ihrer Fähigkeit zur Teilnahme an Berufs- und Sozialleben eingeschränkt.

Eine weitere häufige Begleiterscheinung sind geschwollene, rote, stark juckende und tränende Augen. Durch reibungsbedingte Verletzungen, gepaart mit Schmutzeintrag, kann dies zu einer Bindehautentzündung (Konjunktivitis) führen.

Seltener treten Zahnprobleme und Flüssigkeitsansammlungen im Mittelohr (Paukenerguss) auf.

Des Weiteren können Hauterscheinungen auftreten, zum Beispiel im Rahmen einer begleitend auftretenden Kontaktallergie oder auch aufgrund kratzbedingter Hautverletzungen. Zumeist entsteht ein sogenanntes Nesselfieber mit Juckreiz, Rötungen und Quaddeln.

Zu den gefährlichsten Komplikationen bei Heuschnupfen zählt das allergische Asthma. Dabei handelt es sich um eine entzündlich bedingte Veränderung der Atemwege, in erster Linie der Bronchien. Verkrampfungen und vermehrte Schleimproduktion führen in der Folge zu Atemnot, im Extremfall mit tödlichen Folgen. Allerdings ist nicht jedes Asthma allergisch bedingt und entsprechend behandelbar, daher ist zur Abgrenzung ein Allergietest notwendig.

Weiterhin muss Heuschnupfen von Erkältungskrankheiten unterschieden werden; auch hier kann ein Test hilfreich sein. Zudem ist es sinnvoll, eine mögliche Saisonalität der Anzeichen in einem Symptom-Tagebuch zu dokumentieren. Nicht zuletzt kann eine Sinusitis, also eine Nasennebenhöhlenentzündung sowohl Folge allergischer Erscheinungen sein als auch mit ihnen verwechselt werden, insbesondere, wenn sie chronisch ist.

Alle genannten Komplikationen benötigen, ebenso wie schwerere Formen der Bindehautentzündung, dringend ärztliche Behandlung, da sie sonst zu erheblichen Gesundheitsschäden führen können.